Abstract
| Lingua originale | English |
|---|---|
| pagine (da-a) | 2483-2495.e26 |
| Numero di pagine | 13 |
| Rivista | Gastroenterology |
| Volume | 160 |
| DOI | |
| Stato di pubblicazione | Pubblicato - 2021 |
Keywords
- Meta-analysis
- Superenhancer
- X-Wide Association Study
Fingerprint
Entra nei temi di ricerca di 'X Chromosome Contribution to the Genetic Architecture of Primary Biliary Cholangitis'. Insieme formano una fingerprint unica.Cita questo
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- Vancouver
}
In: Gastroenterology, Vol. 160, 2021, pag. 2483-2495.e26.
Risultato della ricerca: Contributo in rivista › Articolo in rivista
TY - JOUR
T1 - X Chromosome Contribution to the Genetic Architecture of Primary Biliary Cholangitis
AU - Asselta, Rosanna
AU - Paraboschi, Elvezia M.
AU - Gerussi, Alessio
AU - Cordell, Heather J.
AU - Mells, George F.
AU - Sandford, Richard N.
AU - Jones, David E.
AU - Nakamura, Minoru
AU - Ueno, Kazuko
AU - Hitomi, Yuki
AU - Kawashima, Minae
AU - Nishida, Nao
AU - Tokunaga, Katsushi
AU - Nagasaki, Masao
AU - Tanaka, Atsushi
AU - Tang, Ruqi
AU - Li, Zhiqiang
AU - Shi, Yongyong
AU - Liu, Xiangdong
AU - Xiong, Ma
AU - Hirschfield, Gideon
AU - Siminovitch, Katherine A.
AU - Walker, Erin
AU - Xie, Gang
AU - Mason, Andy
AU - Myers, Robert
AU - Peltekian, Kevork
AU - Ghent, Cameron
AU - Atkinson, Elizabeth
AU - Juran, Bruce
AU - Lazaridis, Kostas
AU - Lu, Yue
AU - Gu, Xiangjun
AU - Jing, Kaiyan
AU - Amos, Chris
AU - Affronti, Andrea
AU - Brunetto, Maurizia
AU - Coco, Barbara
AU - Spinzi, Giancarlo
AU - Elia, Gianfranco
AU - Ferrari, Carlo
AU - Lleo, Ana
AU - Muratori, Luigi
AU - Muratori, Paolo
AU - Portincasa, Piero
AU - Colli, Agostino
AU - Bruno, Savino
AU - Colloredo, Guido
AU - Azzaroli, Francesco
AU - Andreone, Pietro
AU - Bragazzi, Mariaconsiglia
AU - Alvaro, Domenico
AU - Cardinale, Vincenzo
AU - Cazzagon, Nora
AU - Rigamonti, Cristina
AU - Floreani, Annarosa
AU - Rosina, Floriano
AU - Ciaccio, Antonio
AU - Cristoferi, Laura
AU - D'Amato, Daphne
AU - Malinverno, Federica
AU - Mancuso, Clara
AU - Massironi, Sara
AU - Milani, Chiara
AU - O'Donnell, Sarah E.
AU - Ronca, Vincenzo
AU - Barisani, Donatella
AU - Lampertico, Pietro
AU - Donato, Francesca
AU - Donato, Federica
AU - Fagiuoli, Stefano
AU - Almasio, Piero L.
AU - Giannini, Edoardo
AU - Cursaro, Carmela
AU - Colombo, Massimo
AU - Valenti, Luca
AU - Miele, Luca
AU - Andriulli, Angelo
AU - Niro, Grazia A.
AU - Grattagliano, Ignazio
AU - Morini, Lorenzo
AU - Casella, Giovanni
AU - Vinci, Maria
AU - Vinci, Maria Rosaria
AU - Battezzati, Pier Maria
AU - Crosignani, Andrea
AU - Zuin, Massimo
AU - Mattalia, Alberto
AU - Calvaruso, Vincenza
AU - Colombo, Silvia
AU - Benedetti, Antonio
AU - Marzioni, Marco
AU - Galli, Andrea
AU - Marra, Fabio
AU - Tarocchi, Mirko
AU - Picciotto, Antonio
AU - Morisco, Filomena
AU - Fabris, Luca
AU - Crocè, Lory Saveria
AU - Tiribelli, Claudio
AU - Toniutto, Pierluigi
AU - Strazzabosco, Mario
AU - Ch'Ng, Chin Lye
AU - Rahman, Mesbah
AU - Yapp, Tom
AU - Sturgess, Richard
AU - Healey, Christopher
AU - Czajkowski, Marek
AU - Gunasekera, Anton
AU - Gyawali, Pranab
AU - Premchand, Purushothaman
AU - Kapur, Kapil
AU - Marley, Richard
AU - Foster, Graham
AU - Watson, Alan
AU - Dias, Aruna
AU - Subhani, Javaid
AU - Harvey, Rory
AU - Mccorry, Roger
AU - Ramanaden, David
AU - Gasem, Jaber
AU - Evans, Richard
AU - Mathialahan, Thiriloganathan
AU - Shorrock, Christopher
AU - Lipscomb, George
AU - Southern, Paul
AU - Tibble, Jeremy
AU - Gorard, David
AU - Palegwala, Altaf
AU - Jones, Susan
AU - Dawwas, Mohamed
AU - Alexander, Graeme
AU - Dolwani, Sunil
AU - Prince, Martin
AU - Foxton, Matthew
AU - Elphick, David
AU - Mitchison, Harriet
AU - Gooding, Ian
AU - Karmo, Mazn
AU - Saksena, Sushma
AU - Mendall, Mike
AU - Patel, Minesh
AU - Ede, Roland
AU - Austin, Andrew
AU - Sayer, Joanna
AU - Hankey, Lorraine
AU - Hovell, Christopher
AU - Fisher, Neil
AU - Carter, Martyn
AU - Koss, Konrad
AU - Piotrowicz, Andrzej
AU - Grimley, Charles
AU - Neal, David
AU - Lim, Guan
AU - Levi, Sass
AU - Ala, Aftab
AU - Broad, Andrea
AU - Saeed, Athar
AU - Wood, Gordon
AU - Brown, Jonathan
AU - Wilkinson, Mark
AU - Gordon, Harriet
AU - Ramage, John
AU - Ridpath, Jo
AU - Ngatchu, Theodore
AU - Grover, Bob
AU - Shaukat, Syed
AU - Shidrawi, Ray
AU - Abouda, George
AU - Ali, Faiz
AU - Rees, Ian
AU - Salam, Imroz
AU - Narain, Mark
AU - Brown, Ashley
AU - Taylor-Robinson, Simon
AU - Williams, Simon
AU - Grellier, Leonie
AU - Banim, Paul
AU - Das, Debasish
AU - Chilton, Andrew
AU - Heneghan, Michael
AU - Curtis, Howard
AU - Gess, Markus
AU - Drake, Ian
AU - Aldersley, Mark
AU - Davies, Mervyn
AU - Jones, Rebecca
AU - Mcnair, Alastair
AU - Srirajaskanthan, Raj
AU - Pitcher, Maxton
AU - Sen, Sambit
AU - Bird, George
AU - Barnardo, Adrian
AU - Kitchen, Paul
AU - Yoong, Kevin
AU - Chirag, Oza
AU - Sivaramakrishnan, Nurani
AU - Macfaul, George
AU - Jones, David
AU - Shah, Amir
AU - Evans, Chris
AU - Saha, Subrata
AU - Pollock, Katharine
AU - Bramley, Peter
AU - Mukhopadhya, Ashis
AU - Fraser, Andrew
AU - Mills, Peter
AU - Shallcross, Christopher
AU - Campbell, Stewart
AU - Bathgate, Andrew
AU - Shepherd, Alan
AU - Dillon, John
AU - Rushbrook, Simon
AU - Przemioslo, Robert
AU - Macdonald, Christopher
AU - Metcalf, Jane
AU - Shmueli, Udi
AU - Davis, Andrew
AU - Naqvi, Asifabbas
AU - Lee, Tom
AU - Ryder, Stephen D.
AU - Collier, Jane
AU - Klass, Howard
AU - Ninkovic, Mary
AU - Cramp, Matthew
AU - Sharer, Nicholas
AU - Aspinall, Richard
AU - Goggin, Patrick
AU - Ghosh, Deb
AU - Douds, Andrew
AU - Hoeroldt, Barbara
AU - Booth, Jonathan
AU - Williams, Earl
AU - Hussaini, Hyder
AU - Stableforth, William
AU - Ayres, Reuben
AU - Thorburn, Douglas
AU - Marshall, Eileen
AU - Burroughs, Andrew
AU - Mann, Steven
AU - Lombard, Martin
AU - Richardson, Paul
AU - Patanwala, Imran
AU - Maltby, Julia
AU - Brookes, Matthew
AU - Mathew, Ray
AU - Vyas, Samir
AU - Singhal, Saket
AU - Gleeson, Dermot
AU - Misra, Sharat
AU - Butterworth, Jeff
AU - George, Keith
AU - Harding, Tim
AU - Douglass, Andrew
AU - Panter, Simon
AU - Shearman, Jeremy
AU - Bray, Gary
AU - Butcher, Graham
AU - Forton, Daniel
AU - Mclindon, John
AU - Cowan, Matthew
AU - Whatley, Gregory
AU - Mandal, Aditya
AU - Gupta, Hemant
AU - Sanghi, Pradeep
AU - Jain, Sanjiv
AU - Pereira, Steve
AU - Prasad, Geeta
AU - Watts, Gill
AU - Wright, Mark
AU - Neuberger, James
AU - Gordon, Fiona
AU - Unitt, Esther
AU - Grant, Allister
AU - Delahooke, Toby
AU - Higham, Andrew
AU - Brind, Alison
AU - Cox, Mark
AU - Ramakrishnan, Subramaniam
AU - King, Alistair
AU - Collins, Carole
AU - Whalley, Simon
AU - Li, Andy
AU - Fraser, Jocelyn
AU - Bell, Andrew
AU - Wong, Voi Shim
AU - Singhal, Amit
AU - Gee, Ian
AU - Ang, Yeng
AU - Ransford, Rupert
AU - Gotto, James
AU - Millson, Charles
AU - Bowles, Jane
AU - Thomas, Caradog
AU - Harrison, Melanie
AU - Galaska, Roman
AU - Kendall, Jennie
AU - Whiteman, Jessica
AU - Lawlor, Caroline
AU - Gray, Catherine
AU - Elliott, Keith
AU - Mulvaney-Jones, Caroline
AU - Hobson, Lucie
AU - Van Duyvenvoorde, Greta
AU - Loftus, Alison
AU - Seward, Katie
AU - Penn, Ruth
AU - Maiden, Jane
AU - Damant, Rose
AU - Hails, Janeane
AU - Cloudsdale, Rebecca
AU - Silvestre, Valeria
AU - Glenn, Sue
AU - Dungca, Eleanor
AU - Wheatley, Natalie
AU - Doyle, Helen
AU - Kent, Melanie
AU - Hamilton, Caroline
AU - Braim, Delyth
AU - Wooldridge, Helen
AU - Abrahams, Rachel
AU - Paton, Alison
AU - Lancaster, Nicola
AU - Gibbins, Andrew
AU - Hogben, Karen
AU - Desousa, Phillipa
AU - Muscariu, Florin
AU - Musselwhite, Janine
AU - Mckay, Alexandra
AU - Tan, Laiting
AU - Foale, Carole
AU - Brighton, Jacqueline
AU - Flahive, Kerry
AU - Nambela, Estelle
AU - Townshend, Paula
AU - Ford, Chris
AU - Holder, Sophie
AU - Palmer, Caroline
AU - Featherstone, James
AU - Nasseri, Mariam
AU - Sadeghian, Joy
AU - Williams, Bronwen
AU - Thomas, Carol
AU - Rolls, Sally-Ann
AU - Hynes, Abigail
AU - Duggan, Claire
AU - Jones, Sarah
AU - Crossey, Mary
AU - Stansfield, Glynis
AU - Macnicol, Carolyn
AU - Wilkins, Joy
AU - Wilhelmsen, Elva
AU - Raymode, Parizade
AU - Lee, Hye-Jeong
AU - Durant, Emma
AU - Bishop, Rebecca
AU - Ncube, Noma
AU - Tripoli, Sherill
AU - Casey, Rebecca
AU - Cowley, Caroline
AU - Miller, Richard
AU - Houghton, Kathryn
AU - Ducker, Samantha
AU - Wright, Fiona
AU - Bird, Bridget
AU - Baxter, Gwen
AU - Keggans, Janie
AU - Hughes, Maggie
AU - Grieve, Emma
AU - Young, Karin
AU - Williams, D.
AU - Ocker, Kate
AU - Hines, Frances
AU - Martin, Kirsty
AU - Innes, Caron
AU - Valliani, Talal
AU - Fairlamb, Helen
AU - Thornthwaite, Sarah
AU - Eastick, Anne
AU - Tanqueray, Elizabeth
AU - Morrison, Jennifer
AU - Holbrook, Becky
AU - Browning, Julie
AU - Walker, Kirsten
AU - Congreave, Susan
AU - Verheyden, Juliette
AU - Slininger, Susan
AU - Stafford, Lizzie
AU - O'Donnell, Denise
AU - Ainsworth, Mark
AU - Lord, Susan
AU - Kent, Linda
AU - March, Linda
AU - Dickson, Christine
AU - Simpson, Diane
AU - Longhurst, Beverley
AU - Hayes, Maria
AU - Shpuza, Ervin
AU - White, Nikki
AU - Besley, Sarah
AU - Pearson, Sallyanne
AU - Wright, Alice
AU - Jones, Linda
AU - Gunter, Emma
AU - Dewhurst, Hannah
AU - Fouracres, Anna
AU - Farrington, Liz
AU - Graves, Lyn
AU - Marriott, Suzie
AU - Leoni, Marina
AU - Tyrer, David
AU - Martin, Kate
AU - Dali-Kemmery, Lola
AU - Lambourne, Victoria
AU - Green, Marie
AU - Sirdefield, Dawn
AU - Amor, Kelly
AU - Colley, Julie
AU - Shinder, Bal
AU - Jones, Jayne
AU - Mills, Marisa
AU - Carnahan, Mandy
AU - Taylor, Natalie
AU - Boulton, Kerenza
AU - Tregonning, Julie
AU - Brown, Carly
AU - Clifford, Gayle
AU - Archer, Emily
AU - Hamilton, Maria
AU - Curtis, Janette
AU - Shewan, Tracey
AU - Walsh, Sue
AU - Warner, Karen
AU - Netherton, Kimberley
AU - Mupudzi, Mcdonald
AU - Gunson, Bridget
AU - Gitahi, Jane
AU - Gocher, Denise
AU - Batham, Sally
AU - Pateman, Hilary
AU - Desmennu, Senayon
AU - Conder, Jill
AU - Clement, Darren
AU - Gallagher, Susan
AU - Orpe, Jacky
AU - Chan, Puiching
AU - Currie, Lynn
AU - O'Donohoe, Lynn
AU - Oblak, Metod
AU - Morgan, Lisa
AU - Quinn, Marie
AU - Amey, Isobel
AU - Baird, Yolanda
AU - Cotterill, Donna
AU - Cumlat, Lourdes
AU - Winter, Louise
AU - Greer, Sandra
AU - Spurdle, Katie
AU - Allison, Joanna
AU - Dyer, Simon
AU - Sweeting, Helen
AU - Kordula, Jean
AU - Aiba, Yoshihiro
AU - Nakamura, Hitomi
AU - Abiru, Seigo
AU - Nagaoka, Shinya
AU - Komori, Atsumasa
AU - Yatsuhashi, Hiroshi
AU - Ishibashi, Hiromi
AU - Ito, Masahiro
AU - Kawai, Yosuke
AU - Kohn, Seik-Soon
AU - Gervais, Olivier
AU - Migita, Kiyoshi
AU - Katsushima, Shinji
AU - Naganuma, Atsushi
AU - Sugi, Kazuhiro
AU - Komatsu, Tatsuji
AU - Mannami, Tomohiko
AU - Matsushita, Kouki
AU - Yoshizawa, Kaname
AU - Makita, Fujio
AU - Nikami, Toshiki
AU - Nishimura, Hideo
AU - Kouno, Hiroshi
AU - Kouno, Hirotaka
AU - Ota, Hajime
AU - Komura, Takuya
AU - Nakamura, Yoko
AU - Shimada, Masaaki
AU - Hirashima, Noboru
AU - Komeda, Toshiki
AU - Ario, Keisuke
AU - Nakamuta, Makoto
AU - Yamashita, Tsutomu
AU - Furuta, Kiyoshi
AU - Kikuchi, Masahiro
AU - Naeshiro, Noriaki
AU - Takahashi, Hironao
AU - Mano, Yutaka
AU - Tsunematsu, Seiji
AU - Yabuuchi, Iwao
AU - Shimada, Yusuke
AU - Yamauchi, Kazuhiko
AU - Sugimoto, Rie
AU - Sakai, Hironori
AU - Mita, Eiji
AU - Koda, Masaharu
AU - Tsuruta, Satoru
AU - Kamitsukasa, Hiroshi
AU - Sato, Takeaki
AU - Masaki, Naohiko
AU - Kobata, Tatsuro
AU - Fukushima, Nobuyoshi
AU - Higuchi, Nobito
AU - Ohara, Yukio
AU - Muro, Toyokichi
AU - Takesaki, Eiichi
AU - Takaki, Hitoshi
AU - Yamamoto, Tetsuo
AU - Kato, Michio
AU - Nagaoki, Yuko
AU - Hayashi, Shigeki
AU - Ishida, Jinya
AU - Watanabe, Yukio
AU - Kobayashi, Masakazu
AU - Koga, Michiaki
AU - Saoshiro, Takeo
AU - Yagura, Michiyasu
AU - Hirata, Keisuke
AU - Takikawa, Hajime
AU - Ohira, Hiromasa
AU - Zeniya, Mikio
AU - Abe, Masanori
AU - Onji, Morikazu
AU - Kaneko, Shuichi
AU - Honda, Masao
AU - Arai, Kuniaki
AU - Arinaga-Hino, Teruko
AU - Hashimoto, Etsuko
AU - Taniai, Makiko
AU - Umemura, Takeji
AU - Joshita, Satoru
AU - Nakao, Kazuhiko
AU - Ichikawa, Tatsuki
AU - Shibata, Hidetaka
AU - Yamagiwa, Satoshi
AU - Seike, Masataka
AU - Honda, Koichi
AU - Sakisaka, Shotaro
AU - Takeyama, Yasuaki
AU - Harada, Masaru
AU - Senju, Michio
AU - Yokosuka, Osamu
AU - Kanda, Tatsuo
AU - Ueno, Yoshiyuki
AU - Kikuchi, Kentaro
AU - Ebinuma, Hirotoshi
AU - Himoto, Takashi
AU - Yasunami, Michio
AU - Murata, Kazumoto
AU - Mizokami, Masashi
AU - Shimoda, Shinji
AU - Miyake, Yasuhiro
AU - Takaki, Akinobu
AU - Yamamoto, Kazuhide
AU - Hirano, Katsuji
AU - Ichida, Takafumi
AU - Ido, Akio
AU - Tsubouchi, Hirohito
AU - Chayama, Kazuaki
AU - Harada, Kenichi
AU - Nakanuma, Yasuni
AU - Maehara, Yoshihiko
AU - Taketomi, Akinobu
AU - Shirabe, Ken
AU - Soejima, Yuji
AU - Mori, Akira
AU - Yagi, Shintaro
AU - Uemoto, Shinji
AU - Tanaka, Tomohiro
AU - Yamashiki, Noriyo
AU - Tamura, Sumito
AU - Sugawara, Yasuhiro
AU - Kokudo, Norihiro
AU - Carbone, Marco
AU - Cardamone, Giulia
AU - Duga, Stefano
AU - Gershwin, M. Eric
AU - Seldin, Michael F.
AU - Invernizzi, Pietro
PY - 2021
Y1 - 2021
N2 - Background & Aims: Genome-wide association studies in primary biliary cholangitis (PBC) have failed to find X chromosome (chrX) variants associated with the disease. Here, we specifically explore the chrX contribution to PBC, a sexually dimorphic complex autoimmune disease. Methods: We performed a chrX-wide association study, including genotype data from 5 genome-wide association studies (from Italy, United Kingdom, Canada, China, and Japan; 5244 case patients and 11,875 control individuals). Results: Single-marker association analyses found approximately 100 loci displaying P < 5 × 10–4, with the most significant being a signal within the OTUD5 gene (rs3027490; P = 4.80 × 10–6; odds ratio [OR], 1.39; 95% confidence interval [CI], 1.028–1.88; Japanese cohort). Although the transethnic meta-analysis evidenced only a suggestive signal (rs2239452, mapping within the PIM2 gene; OR, 1.17; 95% CI, 1.09–1.26; P = 9.93 × 10–8), the population-specific meta-analysis showed a genome-wide significant locus in East Asian individuals pointing to the same region (rs7059064, mapping within the GRIPAP1 gene; P = 6.2 × 10–9; OR, 1.33; 95% CI, 1.21–1.46). Indeed, rs7059064 tags a unique linkage disequilibrium block including 7 genes: TIMM17B, PQBP1, PIM2, SLC35A2, OTUD5, KCND1, and GRIPAP1, as well as a superenhancer (GH0XJ048933 within OTUD5) targeting all these genes. GH0XJ048933 is also predicted to target FOXP3, the main T-regulatory cell lineage specification factor. Consistently, OTUD5 and FOXP3 RNA levels were up-regulated in PBC case patients (1.75- and 1.64-fold, respectively). Conclusions: This work represents the first comprehensive study, to our knowledge, of the chrX contribution to the genetics of an autoimmune liver disease and shows a novel PBC-related genome-wide significant locus.
AB - Background & Aims: Genome-wide association studies in primary biliary cholangitis (PBC) have failed to find X chromosome (chrX) variants associated with the disease. Here, we specifically explore the chrX contribution to PBC, a sexually dimorphic complex autoimmune disease. Methods: We performed a chrX-wide association study, including genotype data from 5 genome-wide association studies (from Italy, United Kingdom, Canada, China, and Japan; 5244 case patients and 11,875 control individuals). Results: Single-marker association analyses found approximately 100 loci displaying P < 5 × 10–4, with the most significant being a signal within the OTUD5 gene (rs3027490; P = 4.80 × 10–6; odds ratio [OR], 1.39; 95% confidence interval [CI], 1.028–1.88; Japanese cohort). Although the transethnic meta-analysis evidenced only a suggestive signal (rs2239452, mapping within the PIM2 gene; OR, 1.17; 95% CI, 1.09–1.26; P = 9.93 × 10–8), the population-specific meta-analysis showed a genome-wide significant locus in East Asian individuals pointing to the same region (rs7059064, mapping within the GRIPAP1 gene; P = 6.2 × 10–9; OR, 1.33; 95% CI, 1.21–1.46). Indeed, rs7059064 tags a unique linkage disequilibrium block including 7 genes: TIMM17B, PQBP1, PIM2, SLC35A2, OTUD5, KCND1, and GRIPAP1, as well as a superenhancer (GH0XJ048933 within OTUD5) targeting all these genes. GH0XJ048933 is also predicted to target FOXP3, the main T-regulatory cell lineage specification factor. Consistently, OTUD5 and FOXP3 RNA levels were up-regulated in PBC case patients (1.75- and 1.64-fold, respectively). Conclusions: This work represents the first comprehensive study, to our knowledge, of the chrX contribution to the genetics of an autoimmune liver disease and shows a novel PBC-related genome-wide significant locus.
KW - Meta-analysis
KW - Superenhancer
KW - X-Wide Association Study
KW - Meta-analysis
KW - Superenhancer
KW - X-Wide Association Study
UR - http://hdl.handle.net/10807/220288
U2 - 10.1053/j.gastro.2021.02.061
DO - 10.1053/j.gastro.2021.02.061
M3 - Article
SN - 0016-5085
VL - 160
SP - 2483-2495.e26
JO - Gastroenterology
JF - Gastroenterology
ER -